Korporācija Fraternitas Academica dibināta 1925.gada 4.februārī Rīgā, lai pulcinātu ap sevi studentus akadēmiskās dzīves izkopšanai, attīstītu tiem goda prātu, pienākuma apziņu, piekoptu atturību, veicinātu zinātnes, literatūras, mākslas un sporta attīstību, pabalstītu morāliski un materiāli korporācijas biedrus studiju laikā un arī pēc tam, tādā veidā izaudzinot krietnus un stiprus pilsoņus, kuŗi varētu ņemt aktīvu dalību Latvijas valsts kulturālajā un sabiedriskajā dzīvē. 

Fraternitas Academicas pirmsākumi meklējami Akadēmiskā skautu klubā (A!S!K!), kas tika dibināts 1924.gadā, lai apvienotu skautus studentus un tradīciju garā izkoptu garīgās vērtības. Latvijas Skautu Centrālajā organizācijā klubs tika apstiprināts par autonomu vienību. A!S!K! emblēmā bija attēlota rombveidīga lilija baltā emaljā ar zaļu apmalīti; tā ir saglabāta korporācijas deķeļa virspusē, izveidojot to piecstaru zvaigznes veidā. 

Korporācijas sākotnējais nosaukums bija Fraternitas Academica, bet dažu iebildumu dēļ, lai izvairītos no iespējamiem pārpratumiem ar līdzīga nosaukuma Tērbatā dibināto vācu studentu korporāciju, 1927.gadā tas tika nomainīts uz Fraternitas Academica Latviensis. 1933.gada 8.februārī Latvijas Universitātes Padome apstiprināja korporācijas sākotnējo nosaukumu. 

Reģistrējot jauno sabiedrību pie Latvijas Universitātes, tās dibinātājos bija 22 Latvijas Universitātes dažādu fakultāšu studenti – 17 jau tobrīd pastāvēt beigušā Akadēmiskā skautu kluba biedri un 5 Latvijas Universitātes Teoloģijas fakultātes studenti. 

Tā kā bijušā A!S!K! buršu vairākums bija lettoņi, tad viņu ieteikums komānu garantēt pie Lettonias guva piekrišanu un 1925.gada novembrī, otrajā darbības sēmestrī, dibinātāji līdz ar jaunuzņemto I coetu garantēja Apvienoto korporāciju komānu (A!K!K!) pie korporācijas Lettonia. 

Nākošie 4 semestri bija spraiguma pilni, nostabilizējot jaunās sabiedrības pamatus, izveidojot iekšējo sadzīvi un uzņemot jaunus biedrus. 

1927.gada 8.novembrī Fraternitas Academica kā pilntiesīga korporācija tika uzņemta Prezidiju Konventā (P!K!). 1928.gada martā tika nodibināta Filistru biedrība (F!B!). Dibinātājos bija gan augstskolu beigušie aktīvā konventa biedri, gan arī pirmajos pastāvēšanas gados uzņemtie goda filistri.

1929.gada 15.aprīlī F!B! tika uzņemta Filistru biedrību savienībā (F!B!S!), kuŗā tā darbojās līdz F!B!S! likvidēšanai 1940.gadā.

Ap 1926.gadu konvents izgatavoja vapeņa maketu ģipsī. Šis paraugs ar laiku tika mainīts un 1930.gada 4.februārī tika iesvētīts Hugo Merca, 1925.II, darinātais vapenis.

Konventa biedri ir aktīvi piedalījušies visās Prezīdiju Konventa P!K! institūcijās. Konvents ir nosūtījis savus pārstāvjus kā Studentu Padomē, tā arī F!B!S! vadībā. Līdz II pasaules kaŗam konventam bija pastāvīga basketbola, vieglatlētikas un volejbola komanda, kas piedalījās dažādās Prezidiju Konventa sporta (P!K!S!) organizācijas rīkotajās sacensībās. Prezidēšanu P!K! konvents ir uzņēmies 1930.gada II, 1938.gada II, 1995.gada II un 2006.gada I sēmestrī.

1934.gada 23.novembrī konvents noslēdza Draudzības līgumu ar studentu korporāciju Tervetia. 1938.gada 5.novembrī Draudzības līgums tika slēgts ar Lietuvas Kauņas Vītauta Dižā Universitātes studentu korporāciju Šarūnas. 

Korporācijas darbība tika slēgta ar Sabiedrisko lietu ministra 1940.gada 13.jūlija lēmumu. Līdz konventa aktīvās darbības pārtraukšanai, zvērestu meln-zaļ-zelta krāsām bija devuši 264 Latvijas Universitātes un cariskās Krievijas augstskolu studenti un absolventi. 

Vācu okupācijas laikā korporācijas darbība gan tika daļēji atjaunota, tika uzņemts pat viens fuksis, stud.iur. Alfrēds Nerbulis, 1941.II, tomēr daudzi biedri bija jau izklīduši, daži uz neatgriešanos; valdīja kaŗa likumi. 

Pēc II pasaules kaŗa akadēmiķi pirmo reizi kuplākā pulkā sanāca kopā 1947.gada jūnijā komeršā Eslingenā, Vācijā, kad tika ievēlēts prezidijs. Trimdā 50.gadu sākumā akadēmiķus sāka apzināt fil! Alfrēds Gulbis, 1933.II. Par pirmo trimdas senioru 1951.gada II sēmestrī kļuva fil! Osvalds Uršteins, 1927.II. 1965.gada 19.jūnijā, konventa 40 gadu dibināšanas atceres svētku aktā fil! Hugo Merca, 1925.II, jaundarināto vapeni iesvētīja fil!dib! Kārlis Būmanis. Latvijas Korporāciju apvienībā (L!K!A!) korporācija prezidēja 1970./71. un 1988./89. m.g. 

Godinot II pasaules kaŗā kritušos, padomju laikā represētos un mūžībā aizsauktos biedrus ASV Ņujorkas pavalsts Katskiļu kalnos izveidotajos Latviešu brāļu kapos 1985.gada 18.augustā tika atklāta un iesvētīta mākslinieka fil! Gunāra Straumēna, 1964.I, projektētā piemiņas plāksne.

Latvijā korporācijas darbība tika atjaunota 1990.gada 4.februārī ārkārtējā Speciālā konventā. 1990.gada 28.martā korporācijas statūti tika apstiprināti Latvijas Universitātē. 1991.gada 17.jūnijā tika pieņemti korporācijas Filistru biedrības statūti. No 1990.II sēmestŗa līdz 1995.II sēmestrim korporācijai pastāvēja vienlaicīgi prezidijs Latvijā un globālais prezidijs ārzemēs. No 1996.I sēmestŗa korporācijas globālais prezidijs atrodas Rīgā. 1994.gada 6.janvārī studentu korporācijas Fraternitas Academica Filistru biedrība kā sabiedriska organizācija tika reģistrēta LR Tieslietu ministrijā. Studentu korporācija Fraternitas Academica kā sabiedriska organizācija LR Tieslietu ministrijā tika reģistrēta 1996.gada 18.martā. 2001.gada janvārī, sagaidot korporācijas 76.gadskārtu, tika izdota Fraternitas Academica pirmā dziesmu grāmata – kantikums.

Sakarā ar izmaiņām LR likumdošanā, 2005.gada 8.augustā korporācija un 2005.gada 20.oktobrī F!B! tika piereģistrēta LR Uzņēmumu reģistra Biedrību un nodibinājumu reģistrā.

2007.gada 7.novembrī Fraternitas Academica Filistru biedrība tika uzņemta atjaunotajā Filistru biedrību savienībā (F!B!S!).

2004. gada nogalē fil! Arnolds G. Rautenšilds, 1925.II, izdeva grāmatu par korporācijas teoloģiju studējušajiem biedriem 43 no korporācijas Fraternitas Academica. 2005.gada februārī, atzīmējot dibināšanas 80 gadu jubileju tika izdota korporācijas vēsturē pirmā biografiskā enciklopēdija Album Fratrum Academicorum. 2009.gadā tika atklāta korporācijas interneta mājas lapa www.academica.lv 

Laika gaitā korporācijas dzīvoklis ir atradies Ādmiņu ielā 9 (20. g. otrajā pusē), Zigfrīda A. Meierovica bulv. 9a –1 (1931–35), Zigfrīda A. Meierovica bulv. 16–1 (1936–40), Basteja bulv. 4–1 (1992–93), Alberta ielā 9–10 (1994) un Baznīcas ielā 45–37 (no 1995).

Uzņemot jaunos biedrus, konvents nekad nav vadījies no šaura novadniecības viedokļa; konventa biedri ir pārstāvējuši dažādas augstskolas un fakultātes. Kopš korporācijas dibināšanas 1925.gadā līdz šodienai kopumā uzņemti 455 biedri.

2010.II sēmestrī Fraternitas Academica biedru skaits Latvijā un ārzemēs ir 62 zēni, kommilitoņi, filistri un komāna garanti. 

Ārzemēs dzīvojošie korporācijas filistri ir apvienoti Filistru biedrības nodaļā ārzemēs.  

Korporācija ik sēmestri ievēl tās prezidija 3 pārstāvjus darbam Latvijas Korporāciju apvienībā (L!K!A!).